# 12 tested candidate miRNA sequences in four-way alignment (human/mouse/rat/dog) # header line: id chr start end strand score # # 6 validated predictions are listed first, and tested miRNA mature products are shown in UPPER case. # >PREDICTED_MIR64 chrX 113880997 113881107 + 12.556 NEW_AND_VALIDATED gccgggaggttgaacatcctgcatagtgctgccaggaaatccctatttcata-taagagggggctggctggTTGCATATGTAGGATGTCCCATctcccagcccacttcgtca acgaggaggttgaacatcctgcatagtgctgccaggaaatccctacttcatactaagagggggctggctggTTGCATATGTAGGATGTCCCATctcctggcccacttcgtca acggggaggttgaacatcctgcatagtgctgccaggaaatccctacttcatactaagagggggctggctggTTGCATATGTAGGATGTCCCATctcccggcccacttcgtca gcagggaggttgaacatcctgcatagtgctgccaggaaatccctattttatacta--agggggctggctggTTGCATATGTAGGATGTCCCATctccccgcccacttcatcg * ***************************************** ** *** ** **************************************** ********* ** ((.(((((((.(.((((((((((((.(((.(((((..(..((((...((...-...))))))..)..))))).))))))))))))))).).))))))).))........... -51.60 .(.(((((((.(.((((((((((((.(((.(((((..(..((((.(((......))).))))..)..))))).))))))))))))))).).))))))).)............ -50.70 .(.(((((((.(.((((((((((((.(((.(((((..(..((((.(((......))).))))..)..))))).))))))))))))))).).))))))).)............ -52.30 ((.(((((((.(.((((((((((((.(((.(((((..(..((((...........--.))))..)..))))).))))))))))))))).).))))))).))........... -51.10 # aligned and folded structure ........... * ***************************************** ** *** ** ...........gccgggaggttgaacatcctgcatagtgctgccaggaaatccctatttcata-taa ...........acgaggaggttgaacatcctgcatagtgctgccaggaaatccctacttcatactaa ...........acggggaggttgaacatcctgcatagtgctgccaggaaatccctacttcatactaa ...........gcagggaggttgaacatcctgcatagtgctgccaggaaatccctattttatacta- || ||||||| | |||||||||||| ||| ||||| | ||||| || 24 4444444 4 444444444444 444 44444 4 44444 43 || ||||||| | |||||||||||| ||| ||||| | ||||| || gctacttcacccgcccctcTACCCTGTAGGATGTAT.ACGTTggtcggtcggggg...a-....... actgcttcacccggccctcTACCCTGTAGGATGTAT.ACGTTggtcggtcggggg...ag....... actgcttcacccggtcctcTACCCTGTAGGATGTAT.ACGTTggtcggtcggggg...ag....... actgcttcacccgaccctcTACCCTGTAGGATGTAT.ACGTTggtcggtcggggg...ag....... ** ********* *********************.******************...* ....... >PREDICTED_MIR201 chr1 1144291 1144401 + 6.001 NEW_AND_VALIDATED gaggccacccacaccac----cgccggccgatgggcgtcttaccagacatggttagacctggc--cctctgtcTAATACTGTCTGGTAAAACCGTccatccgctgcctgatcaccgt ggaggcccttgtactgc------cctgctgatggatgtcttaccagacatggttagatctggatgcatctgtcTAATACTGTCTGGTAATGCCGTccatccacggccttatcaccgc ggagccccttgtacaatgcactgcctgctgatggatgtcttaccagacatggttagatctggatgtatctgtcTAATACTGTCTGGTAATGCCGTccatccatggccttatcgccgc gaggccgcccgcaccac----agcctgctgatgggcgtcttaccagacacggttagatctgggttctggtgtcTAATACTGTCTGGTAATGCCGTtcatccatggcctgaccaccgc * * * * ** ** ** ***** ************* ******* **** ******************** **** ***** **** * * *** .((((............----....(((.((((((((..((((((((((..(((((((.....--.....)))))))..))))))))))...)))))))).)))))))......... -41.69 .((((((..........------......((((((((.(((((((((((..(((((((..(((....))))))))))..)))))))))).).))))))))...))))))........ -40.91 ((....................(((....((((((((.(((((((((((..(((((((..(((....))))))))))..)))))))))).).))))))))...))).......)).. -37.33 .((((((..........----........((((((((.(((((((((((..((((((((..(...)..).)))))))..)))))))))).).))))))))..))))))......... -39.45 # 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